Ia muncul sebagai inisiatif manusia (para ulama dan kiai) untuk memfasilitasi belajar agama di tengah masyarakat Nusantara.
Kalau kita lacak:
Model pesantren itu berkembang dari sistem halaqah di dunia Islam klasik, yang lalu disesuaikan dengan konteks lokal Indonesia.
Para kiai di masa awal (misalnya di Jawa abad 18–19) biasanya adalah ulama yang punya tanah luas atau pengaruh sosial, lalu mereka mendirikan pondok di dekat rumah atau masjid untuk menampung santri yang belajar agama.
Jadi pesantren bukan wahyu, dan tidak ada kesuciannya secara syar‘i. Ia hanyalah wadah pendidikan Islam — bisa baik, bisa salah, tergantung isinya dan praktiknya.
Maka ketika sekarang ada praktek berlebihan dalam penghormatan terhadap kiai, lalu dikritik, seharusnya itu tidak dianggap menyerang agama, karena kritik semacam itu justru bentuk cinta terhadap agama agar ajaran tetap lurus sesuai sunnah dan adab syar‘i.
> Mengkritik perilaku yang berlebihan di pesantren tidak berarti anti-pesantren, tapi justru bentuk ghirah agar pesantren tetap di jalur ilmu dan tauhid, bukan di jalur kultus individu.
